Il trattamento dei dati personali relativi alle vaccinazioni è necessario per finalità di medicina preventiva e in pari modo, di medicina del lavoro: questa dunque è la base giuridica che giustifica il trattamento, così come da indicare nelle informative.

La vaccinazione sui luoghi di lavoro è una opportunità che se scelta, deve avvenire con il supporto strumentale ed economico dei datori di lavoro, anche in forma associata, ai quali spetta anche il compito di promuoverla fornendo ai dipendenti le indicazioni utili, relative alle complesse caratteristiche del servizio vaccinale usufruibile in azienda e sottoposto alla supervisione dell'azienda sanitaria.

Resta il divieto per il Datore di Lavoro, nello svolgimento di questa attività, di trattare i dati personali relativi a tutti gli aspetti connessi alla vaccinazione dei propri dipendenti, inoltre, dato lo squilibrio del rapporto tra titolare e interessato nel particolare contesto lavorativo, il consenso dei dipendenti non può costituire un valido presupposto di liceità. Stante inoltre la libertà di scelta da parte delle persone in ambito vaccinale, non è peraltro consentito far derivare alcuna conseguenza, né positiva, né negativa, in ragione della libera scelta del lavoratore, in ordine all'adesione o meno alla campagna vaccinale.

All'atto della presentazione del piano vaccinale aziendale all'ASL competente per territorio, il Datore di Lavoro dovrà limitarsi ad indicare esclusivamente il numero complessivo dei vaccini necessari per la realizzazione dell'iniziativa: il piano, che deve essere elaborato con il supporto del professionista sanitario e presentato dal datore di lavoro, non dovranno essere presenti elementi in grado di rilevare l'identità dei lavoratori aderenti all'iniziativa.

Nei casi in cui, al fine di raccogliere le informazioni in merito all'adesione dei dipendenti al servizio vaccinale presso l'azienda, vengano utilizzati strumenti (ad esempio applicativi informatici) del datore di lavoro, nel rispetto del principio di responsabilizzazione, dovranno essere adottate le misure tecniche ed organizzative affinché il trattamento sia conforme alla normativa di settore, garantendo che i dati relativi all'anamnesi dei dipendenti non entrino, neanche accidentalmente, nella disponibilità del personale preposto agli uffici, o analoghe funzioni aziendali, che svolgono funzioni datoriali (es. risorse umane). 

La somministrazione del vaccino dovrà avvenire all'interno di locali individuati dal Datore di Lavoro, nel rispetto dei requisiti richiesti, con la supervisione dell'autorità sanitaria competente. 

Gli ambienti selezionati per la somministrazione del vaccino, dovranno avere caratteristiche tali da evitare di conoscere, da parte di colleghi o di terzi, l'identità dei dipendenti che hanno scelto di aderire alla campagna vaccinale e dovranno essere adottate misure volte a garantire la riservatezza e la dignità del lavoratore, anche nella fase immediatamente successiva alla vaccinazione, attivando misure, procedure, che prevengano l'ingiustificata circolazione di informazioni nel contesto lavorativo o comportamenti ispirati a mera curiosità.

Qualora il vaccino venga somministrato durante l'orario di lavoro, il tempo necessario per eseguire la medesima deve essere equiparato a tutti gli effetti all'orario di lavoro: si potrà quindi procedere alla giustificazione dell'assenza, con le modalità ordinarie stabilite nei contratti collettivi nazionali applicabili, ovvero mediante rilascio da parte del soggetto che somministra la vaccinazione all'interessato di una attestazione di prestazione sanitaria indicata in termini generici. Laddove dall'attestazione prodotta dal dipendente sia possibile risalire al tipo di prestazione sanitaria da questo ricevuta, il datore di lavoro, salva la conservazione del documento, in base agli obblighi di legge, dovrà astenersi dall'utilizzare tali informazioni per altre finalità, nel rispetto dei principi di protezione dei dati e non potrà chiedere al dipendente conferma dell'avvenuta vaccinazione o chiedere l'esibizione del certificato vaccinale.